故事的主角是十七岁高中生小实，从他遇见怪人方鸿卿说起。方鸿卿是南大文物保护专业研究生，在南京博物院实习的他，无意中在夜半的博物馆中遇见种种怪事：夜半谜样的水迹、辛追尸身的变化、呜咽不止的箫声……千年之后重见天日的六孔箫，竟引来秦朝焚书坑儒时的一段悲惨往事，让方鸿卿下定决心，将文物还回秦朝女子的墓中。方鸿卿结识了好友秦秋，与贩卖文物的赵老板及一干盗墓贼斗智斗勇。之后又与小实一起，三个人经历了一系列的奇异事件：一块破旧玉璧，拉开南宋黄天荡一役，韩世忠与梁红玉的生死战局；北宋定窑白瓷婴儿枕，带来父子骨肉亲情与约定承诺的抉择，天伦梦断，令人垂泪；更令人意想不到的是，恒山岳阳庙的吴道子壁画天宫图，竟然影射出打开武则天乾陵的方法……